هي كلية تهدف إلى تأهيل الطلاب في مجال العلوم الشرعية والقانونية، من خلال دراسة الشريعة الإسلامية والقوانين الوضعية، وتطوير مهارات التحليل القانوني والفهم الشرعي العميق. تجمع الكلية بين الجانب الديني والجانب القانوني لتخريج كوادر قادرة على العمل في المجالات القضائية، القانونية، والإدارية، بالإضافة إلى البحث العلمي والخدمة المجتمعية.
كلية التربية تهدف إلى إعداد معلمين وكوادر تربوية مؤهلة قادرة على تطوير العملية التعليمية والتربوية في مختلف المراحل الدراسية. تركز الكلية على تأهيل الطلاب في علوم التربية والنفسية التربوية، طرق التدريس، التقويم التربوي، وإدارة المؤسسات التعليمية، بالإضافة إلى تنمية المهارات العملية والتربوية اللازمة لتلبية حاجات المجتمع ومتطلبات سوق العمل.
كلية متخصصة تهدف إلى دراسة علوم القرآن الكريم وتعاليم الدين الإسلامي بشكل معمّق، مع التركيز على القرآن، تفسيره، وعلوم التلاوة والتجويد. تركز الكلية أيضًا على تأهيل الطلاب لفهم الشريعة الإسلامية والحديث، وتخريج دعاة وعلماء قادرين على نشر الفكر الإسلامي الوسطي وتعزيز القيم الإسلامية في المجتمع.

توفير التعليم العالي لأبناء منطقة القرن الإفريقي، وإعداد جيل مؤهل لتحمل المسؤوليات وأداء الواجبات من أجل النهوض بالأمة الإسلامية عامة، ومنطقة القرن الإفريقي خاصة. تقوم الجامعة على مبدأ إنشاء مراكز بحث علمي تعمل على إجراء البحوث وتوجيهها بما يخدم المجتمع وخطط التنمية، مع نشر العقيدة الإسلامية الصحيحة وترسيخ الفهم الوسطي للشريعة الإسلامية، ومناهضة العقائد الباطلة والأفكار الهدامة. تسعى إلى إعداد علماء متميزين في العلوم الشرعية، وتوثيق الروابط العلمية والثقافية مع الجامعات الأخرى، بما يساهم في تطوير الجامعة وتعزيز مكانتها. كما تهدف إلى إحياء اللغة العربية في المجتمع، وتخريج كوادر متخصصة في تعليم اللغة العربية، واستقطاب الكفاءات العلمية المناسبة للاستفادة من خبراتهم في خدمة المجتمع.
ترمي الجامعة أن تكون منارة معرفية إسلامية عالمية، رائدة في مجال التعليم العالي، والبحث العلمي .
إن البحث العلمي الجامعي لا يقوم على جمع المعلومات فحسب، بل على التحليل النقدي لها، وربطها بالسياقات النظرية والعملية، بما يتيح للباحث الإسهام في تطوير المعرفة وإيجاد حلول للمشكلات القائمة.